Nel 2002 (il 28 novembre) Mombasa su teatro di un attacco terroristico contro il Paradise Hotel, di proprietà israeliana; morirono tre israeliani e dieci kenyoti. Pochi minuti prima era fallito un tentativo di abbattimento, con missili terra-aria, di un Boeing 757della linea aerea israeliana Arkia Boeing 757 decollato dall'aeroporto di Daniel arap Moi. La responsabilità di entrambi gli attentati fu attribuita ad al-Qāʿida.

PhotoGallery

Il 25 maggio 1887 l'amministrazione di Mombasa fu acquisita dalla British East Africa Association inglese e nel 1898 passò completamente sotto il controllo britannico, diventando capitale del British East Africa Protectorate, che ne fece il punto d'arrivo della ferrovia dell'Uganda. Per lavorare alla ferrovia furono portati a Mombasa molti operai dall'India britannica. Dal 1º luglio 1895 Mombasa divenne parte del protettorato inglese del Kenya, che comprendeva una striscia costiera nominalmente sotto la sovranità di Zanzibar. Mombasa rimase nello stato di Zanzibar fino al 12 dicembre 1963, in cui fu ceduta al neonato stato indipendente del Kenya
A cavallo fra il XVII e il XVIII secolo Mombasa fu sotto la sovranità del sultanato di Oman. In questo periodo si succedettero tre governatori (detti Wali in arabo e Liwali in swahili). In seguito la città tornò sotto il controllo portoghese con Álvaro Caetano de Melo Castro (12 marzo 1728 - 21 settembre 1729), poi di nuovo sotto Oman fino al 1746, per poi diventare sultanato indipendente e rimanerlo fino al 1826 (dal 9 febbraio 1824 fino al 25 luglio 1826 il sultanato fu protettorato inglese). Gli Oman tornarono al potere nel1826. Alla fine degli anni 1830 fu annessa al sultanato di Zanzibar.
Vasco de Gama fu il primo europeo del quale risulta che abbia visitato Mombasa, nel 1498. Due anni dopo la città fu saccheggiata dai portoghesi, che vi costruirono Forte Gesù. Dal 1593 la città fu governata da un rappresentate del Portogallo, e nel 1638 divenne ufficialmente una colonia portoghese, acquisendo un ruolo importante come roccaforte per il collegamento verso le colonie in India.
La città fu fondata nell'XI secolo dai mercanti arabi, col nome di Manbasa; rapidamente divenne il principale polo commerciale dell'Africa orientale. Da qui partivano le esportazioni di avorio e di schiavi. Nel 1502 Mombasa divenne un sultanato indipendente.