Le rovine di alcune moschee e monumenti funebri a Kaole (5 km a su di Bagamoyo) attestano una presenza musulmana nell'area almeno dal XIII secolo. Nel XVIII secolo, Bagamoyo era un piccolo centro commerciale, abitato principalmente da pescatori e contadini; vi si vendevano tra l'altro pesce, sale e gomma.

E' una cittadina della Tanzania, capoluogo del distretto omonimo, nella regione di Pwani. Si trova nella costa sull'Oceano Indiano, pressappoco di fronte a Zanzibar, 75 km circa a nord di Dar es Salaam. L'area intorno alla città è ricca di siti di interesse storico, risalenti a diverse epoche, ed è stata avanzata la proposta di includerla fra i Patrimoni dell'umanità UNESCO.Nel 1886, quando l'odierna Tanzania divenne colonia della Germania (col nome di Africa orientale tedesca), la Compagnia dell'Africa Orientale Tedesca scelse Bagamoyo come capitale della colonia, status che la città mantenne fino al 1891 (quando la capitale venne spostata a Dar es Salaam). Lo sviluppo rapidissimo di Dar es Salaam finì per oscurare Bagamoyo, in particolare a partire dal 1905, anno in cui iniziarono i lavori per la realizzazione della ferrovia che avrebbe collegato Dar all'entroterra.In 1868, i capi locali (chiamate majumbe) concessero ai missionari cattolici di creare poco a nord di Bagamoyo un rifugio per i bambini che venivano salvati dal commercio degli schiavi; in seguito, l'insediamento dei missionari si sviluppò fino a comprendere una chiesa, una scuola, e alcune piccole attività produttive (progetti agricoli e officine).Intorno alla metà del XIX secolo Bagamoyo fu anche scelta come base di partenza dagli esploratori Europei che partivano per l'entroterra. Tra gli altri, passarono a Bagamoyo Richard Francis Burton, John Hanning Speke, Henry Morton Stanley, Gaetano Casati, Emin Pascià e James Augustus Grant. David Livingstone non visitò mai Bagamoyo da vivo (contrariamente a quanto riportato da alcune fonti), ma il suo cadavere sostò a Bagamoyo prima di essere portato a Zanzibar (il campanile in cui fu custodito il corpo di Livingston oggi si chiama "Livingstone Tower").Verso la fine del secolo alcune potenti famiglie musulmane imparentate con Shamvi la Magimba del sultanato di Oman presero il controllo della zona, imponendo il pagamento di tasse alla popolazione locale e dando vita al commercio prima di sale e poi di avorio e di schiavi. Questo traffico di merci ebbe come conseguenza un rapido sviluppo di Bagamoyo, che divenne un importante snodo commerciale fra le località dell'entroterra (Morogoro, il Lago Tanganica, Monti Usambara) e Zanzibar. Fu in questo periodo che Bagamoyo acquisì il proprio nome attuale, che in swahili significa "deponi il tuo cuore"; probabilmente era riferito agli schiavi che venivano portati qui per essere venduti oltremare, e che quindi qui abbandonavano ogni speranza, oppure ai portatori delle merci, che giunti in città potevano finalmente riposare.